医疗卫生服务体系建设投入加大。2001年，国家安排中央专项投资1.58亿元，改扩建了西部76所贫困县县医院和286所乡镇卫生院及县级妇幼保健站，占中央专项总投资（2.5亿元）的63%。2002—2004年，国家实施“十五”卫生建设专项，安排西部中央专项投资4.9亿元，占中央专项总投资（9.12亿元）的54%，改扩建了“十五”农村卫生基础设施建设项目1236个。2009年以来，安排中央专项投资200亿元，其中安排西部地区89.7亿元，支持2137个机构建设，分别占总投资和项目总数的44.9%、37.6%。

　　新农合制度实现全面覆盖。截至2009年9月，西部地区有1052个县（市、区）开展了新型农村合作医疗，占全国总数的38.7%。西部地区所有有农业人口的县（市、区）均已建立新型农村合作医疗制度。截至2009年9月，西部实际参加新型农村合作医疗农业人口2.6亿，参合率达到93%。2008年，西部地区新农合筹资277.6亿元，其中中央财政补助资金97.8亿元，占筹资总额的39.6%，人均筹资达到了87.6元。2008年，西部地区新农合基金支出176.8亿元，基金使用率为80.4%。受益人次为1.9亿。

　　妇幼保健水平明显提高。自2000年起，降低孕产妇死亡率和消除新生儿破伤风项目在西部地区实施。2008年项目地区住院分娩率达到90.7%，比2001年提高了54.3%。2008年项目地区孕产妇死亡率下降到35.3/10万，比2001年下降了53.6%。中央财政从2008年起对中西部地区22个省的所有县（市）的814万农村孕产妇住院分娩给予补助。2009—2010年中央财政将继续实施农村孕产妇住院分娩补助项目，并将范围扩展到全国，其中，2009年中央财政投入30.6191亿元。

　　重点地方病防治成效显著。如西部地区8—10岁儿童甲状腺肿大率由1999年的11.8%下降至2005年的8.0%，居民合格碘盐食用率由1999年的73.0%上升到2009年的96.4%。全国饮水型地方性氟中毒病区村改水率为58%，其中西部地区改水率已达到51%，受益人口由1999年的823万人上升至2008年的1182万人。