根据一位曾看过部分查扣文件的人士透露，这其中确有机密文件影本，有的有骑缝章，也有浮水内码，但这些文件的第一页都未留存，所以看不到文头、公文字号与发文单位。

　　依据特侦组廿五日查扣纸箱上所写文字，其中两箱，驻明为国安局九十一年、九十二年。相关人士研判，这两箱文件应与国安密帐中的巩案有关，也就是李登辉前总统对外宣称曾在病房被扁“威胁”之事。此外，一向很少开记者会爆料的民进党籍立委高志鹏，最近为新瑞都案与立委邱毅摃上，两人隔空交火，高志鹏批露调查局笔录里的新瑞都案人头户银行帐号、汇款进出资料等内容，研判其资料来源与扁办遭查扣的文件是“系出同门”。

　　事实上，情治圈还有一件运用外泄公文进行政治斗争的悬案，即去年的民进党总统初选，《壹周刊》报导，高雄高分检查黑中心检察官罗建勋，白纸黑字认定被告谢长廷在高捷案中贪污罪犯行明确。这件高检给调查局的公文，在敏感时机外泄，启人疑窦，谢长廷也一直质疑文件外泄来源与用意，但却始终查不出所以然，最后不了了之。

　　由于扁办持有巩案、新瑞都案等相关文件，同样的泄密管道，自不排除这件民进党总统初选的悬案，亦与陈水扁有关，唯详情仍需视特侦组检视查扣文件内容，始能水落石出。

　　衡情论理，扁在二千年初执政，在毫无经验情况下，发生国安密帐案，扁政府下令撤查弊端，并掌握情治单位的报告，只要案情依法侦办，文件依例归档，并无问题。关键在于陈水扁将案情的情资当做政治工具，要威胁李前总统主导的台联党配合民进党。

　　因此，无论遭查扣的巩案文件是正本或影本，陈水扁在法律上与政治上，均无可宽宥。

　　倘若查扣的文件中，还包括调查局侦办台开内线交易案、ＳＯＧＯ礼券案、陈哲男收贿案等近二十件重大弊案的拟办报告表、执行计画，只能说，扁一直把情治单位的文件情资视为政治工具，做为打击异己和保护亲信的工具，过去八年，实在是情治单位的黑暗时刻。